造成孵化率低的原因一般是由于孵化過程中溫度、濕度沒有控制好，受精蛋受病菌感染，或者是畸形胚胎造成的。具體有以下幾種情況：
1．蛋內有血環(huán)，胚胎在1～4天死亡，種蛋存放時間過長，或貯存的溫度、濕度不當；運輸過程中過度震蕩碰撞；入孵初期溫度過高；種蛋消毒過甚；種雞營養(yǎng)缺乏或失調；母源性或蛋殼帶來病原微生物感染胚胎等。
2．胚胎多在孵化后2周死亡，孵化的溫度過高或過低；通風不良，二氧化碳濃度高；種雞飼料中的蛋白質、維生素、礦物質缺乏。
3．啄單孔無力將孔口擴大，臨近啄殼時溫度突然猛增。濕度太低，通風換氣不良，種雞飼料中維生素A 、維生素B1、維生素B2、維生素B12缺乏時，這種現(xiàn)象最多見。
4．氣室大，胚胎死于殼內，孵化溫度過高，濕度過低，種蛋營養(yǎng)不良。
5．胚胎多在孵化第2周死亡，種蛋存放溫度較高；孵化溫度過高或過低，通風不良；種雞營養(yǎng)不良或失調，維生素缺乏；母源性或蛋殼帶來病源性微生物感染胚胎；翻蛋次數(shù)過少或角度太小。
6.氣室小，胚胎死于殼內，通氣不良，有害氣體過多，濕度過大。
7．氣室正常，胚胎死于殼內，種雞營養(yǎng)缺乏或失調。特別是維生素缺乏容易出現(xiàn)這種情況。甚；種雞遺傳性孵化率低。
8．入孵第1～6天死胚增多，孵化溫度過高或過低；通風不良；種蛋存放時間過長，種蛋蒸熏消毒過。